Hacienda realiza cada año unos planes de inspección de impuestos. Además de ello, las delegaciones regionales pueden investigar y comprobar la situación fiscal de las personas o empresas que consideren.

Las personas que van a ser inspeccionadas por Hacienda reciben carta donde se les informa del inicio de comprobación e investigación de impuestos. En la carta se explica el día y hora que debe presentarse en Hacienda la persona a inspeccionar. La persona a la que va dirigida la inspección puede nombrar un representante para actuar con los inspectores. Los inspectores son considerados agentes de autoridad a efectos de responsabilidad penal.

Normalmente la comprobación de los impuestos se realiza en las oficinas de Hacienda, pero si el inspector lo considera conveniente, puede ser realizada la inspección en el domicilio de la persona o en las empresas. Los inspectores pueden visitar las empresas en horarios de trabajo normal. Si no se permite la entrada de inspectores, pueden haber problemas muy serios para la persona que se investiga, por haber resistencia u obstrucción a la labor inspectora. En algunos casos es necesaria la autorización judicial tratándose del domicilio particular de personas.

Los inspectores pueden solicitar información sobre el negocio a los empleados.

Los documentos que normalmente se piden en una inspección son:

Contabilidad de las empresas. Los documentos contables deben conservarse en un plazo de seis años. El retraso en la contabilidad no debe superar los 4 meses.
Facturas pagadas y cobradas por la empresa.
Declaraciones realizadas durante los años que se inspeccionan.
Movimiento bancario de cuentas, extractos bancarios.

Las entidades bancarias están obligadas a darle a la autoridades fiscales datos, informes o antecedentes sobre cualquier empresa o persona cuando se solicite dicha información. La información que puede solicitar Hacienda a cualquier entidad bancaria es:

Movimiento de cuentas (cuentas corrientes, depósitos a plazo fijo, prestamos, etc.)
Certificaciones y extractos bancarios. Si las autoridades fiscales solicitan información bancaria y no se le facilita, puede obligársele al banco que informe sobre las cuentas corrientes a examinar por la inspección.
Escrituras de propiedades, contratos de alquiler, etc.
Si la empresa no facilita información contable a los inspectores porque no quiere, por pérdida de documentos o por otra razón, Hacienda puede aplicar la llamada estimación indirecta. Esto significa que Hacienda estimaría en base a determinados datos lo que piensa que ocurrió contablemente. Normalmente este sistema es más perjudicial para la persona inspeccionada.

Las actuaciones de los inspectores son redactadas en un documento llamado 'diligencias'. Cuando se analizan todos los datos por la inspección, se resumen en las llamadas 'actas de inspección' . En las actas de inspección se resume las cantidades declaradas, los ingresos descubiertos por Hacienda y no declarados, los impuestos no pagados a Hacienda, las multas por no haber liquidado los impuestos en su plazo correspondiente, y los intereses de demora desde que finalizó el plazo para pagar hasta el momento en que se redactan las actas.

La persona o empresa inspeccionada puede aceptar la actuación inspectora, pero también puede estar disconforme. Esta negativa a aceptar lo que el inspector ha expresado debe ser explicado en un plazo no superior a 15 días. Entonces serán los tribunales de justicia quienes den la razón a la persona inspeccionada o a la Hacienda Pública.